Они победили ВИЧ
Наследственный материал ВИЧ, как правило, состоит из двух нитей РНК (рибонуклеиновая
кислота), которые содержат генетическую информацию о вирусе. В нуклеотидной
последовательности генома ВИЧ группы, состоящие из трех нуклеотидов, также называемые
кодонами, кодируют определенные аминокислоты, образующие белковую
последовательность. Для обозначения мутаций резистентности используется число,
соответствующее номеру кодона в пределах гена, и две буквы. Буква перед числом
обозначает аминокислоту, которая кодирует этот кодон в вирусе дикого типа. Буква после
числа обозначает аминокислоту, кодируемую мутантным кодоном. Мутация,
заключающаяся в изменении нуклеотидной последовательности в кодоне, может привести к
образованию другой аминокислоты, что влияет на функцию белка и может привести к потере
эффекта соответствующих антиретровирусных препаратов. К примеру, мутация M184V
происходит в 184 кодоне гена ОТ и приводит к замене метионина (М) на валин (V) в
ферменте ОТ. Эта мутация определяет резистентность вируса к 3TC и FTC.
Есть так называемые «скрытые мутации», которые не приводят к замене аминокислоты.
Клиническое значение имеют только те мутации, которые приводят к замене аминокислоты
и изменению структуры белка. К примеру, эти изменения могут способствовать
формированию резистентности. Тем не менее, существуют также «летальные» мутации,
которые приводят к формированию дефектной структуры белка и прерыванию цикла
развития вируса.
Генотипический метод позволяет анализировать мутации, ассоциированные с
резистентностью. Мутации выявляются методом прямого секвенирования
амплифицированного генома ВИЧ или методом гибридизации олигонуклеотидов дикого
типа и мутантных вариантов. Большое значение для принятия решения о терапии имеет
секвенирование гена ВИЧ pol, который кодирует синтез таких вирусных ферментов, как
протеаза, обратная транскриптаза и интеграза, а также секвенирование гена env, который
кодирует синтез оболочечных белков gp41 и gp120. Результаты исследований
свидетельствуют о значимости в отношении резистентности других генных локусов, таких
как ген РНКазы H и gag. В данном разделе они не описаны, поскольку их анализ проводился,
в основном, в рамках научных проектов и не применялся в рутинной клинической практике.
Основой для интерпретации генотипической резистентности является корреляция между
генотипом, фенотипом и клиническим ответом на лечение. Соответствующие данные
получены из исследований селекции in vitro, клинических исследований, клинических
наблюдений и многочисленных двойных измерений, в которых изучалось влияние мутаций
на формирование фенотипической резистентности.
Правила, на которых базируется система интерпретации результатов
Система интерпретации результатов генотипирования часто базируется на правилах,
выведенных экспертами на основании литературных данных, и подвергается переработке 1-2
раза в год. В Германии для интерпретации мутаций резистентности применяется первичный
алгоритм, разработанный НКО HIV-Grade (Obermeier 2012). Стэндфордская база данных по
лекарственной резистентности ВИЧ (HIVdb) содержит, наряду с данным алгоритмом,
обширное количество данных с разъяснением и статистической оценкой мутаций,
ассоциированных с резистентностью. Информация о важнейших системах интерпретации
данных представлена в Таблице 3. Коммерческие производители тест-систем для выявления
резистентности в ходе их разработки чаще всего использовали эти указания по
интерпретации данных.
Система интерпретации, основанная на клинических данных, и предполагаемый фенотип
В отличие от разработанных экспертными группами тест-систем, интерпретация результатов
которых базируется на научных принципах, существуют механизированные системы, такие
как geno2pheno (Beerenwinkel 2003) или vircoType™ ВИЧ-1 (больше не применяется с конца
2013 года), в которых интерпретация результатов основана на методе опорных векторов или
регрессионной модели – целью данных методик является прогнозирование
вирусологического ответа на лечение и фенотипа на основании генетической информации.
При этом «предполагаемый фенотип» соотносится с индивидуальным типом генотипической
резистентности без дополнительного фенотипического исследования. Основу для этого
составляют базы данных, содержащие парные результаты генотипического и
фенотипического исследования.
Related posts
