Они победили ВИЧ
Вирусологической целью антиретровирусной терапии является снижение вирусной нагрузки
ниже порога количественного определения, составляющего 50 копий/мл (DAIG 2012).
Скачки вирусной нагрузки на фоне супрессивной АРТ могут быть временными колебаниями,
не имеющими биологического или статистического значения (см. раздел 6.11. «Мониторинг
АРТ»). Тем не менее, повторно определяемая вирусная нагрузка при активной вирусной
репликации свидетельствует о риске развития резистентности (Delaguerre 2009). Согласно
данным ретроспективного когортного исследования, риск вирусологической неудачи
повышен при вирусной нагрузке от 100 до 300 копий/мл (Garcia-Gasco 2008). Максимальная
доля резистентных вирусов обнаруживается при вирусной нагрузке от 1000 до нескольких
десятков тысяч копий/мл (Prosperi 2011).
Быстрое появление резистентных вариантов вируса обусловлено быстрым метаболизмом
ВИЧ – у пациентов, не получающих лечения, ежедневно образуются около 10 миллиардов
новых вирусных частиц (Perelson 1996) – и высокой частотой ошибок при обратной
транскрипции вирусного генома. Несмотря на то, что высокая частота мутаций обеспечивает
образование новых вирусных вариантов («псевдовиды») даже без АРТ, клинически значимая
селекция мутаций резистентности происходит только на фоне приема АРП. Если вирус
однократно приобрел одну или несколько мутаций резистентности, то он, ввиду сниженной
чувствительности к АРТ, будет иметь селекционное превосходство над вирусом дикого типа
(Drake 1993). Резистентные вирусные варианты представляют собой существенную причину
вирусологической неудачи на фоне АРТ. Сегодня, благодаря большому количеству новых
препаратов, часто удается составить эффективную комбинацию, даже несмотря на
длительное предшествующее лечение, для этого необходимо учитывать профиль
лекарственной резистентности. В данной главе, наряду с общей информацией, описаны
методы оценки резистентности и тропизма, а также клинически значимые мутации
резистентности с их интерпретацией. Большинство данных было получено при наблюдении
за пациентами, являющимися носителями вирусного подтипа B, который преобладает в
Северной Америке, Центральной Европе и Австралии, тем не менее, во всем мире его
частота составляет лишь 10% (Buonaguro 2007). В последние годы также возрастает
количество исследований по изучению не-B-подтипов, отдельные из которых имеют особые
пути и типы развития резистентности (Snoeck 2006, Siu 2014).
Методы оценки резистентности
Существуют анализы на генотипическую и фенотипическую резистентность (Wilson 2003).
При оценке генотипической резистентности следует проводить различия между
традиционным генотипированием (популяционное секвенирование) и
ультрачувствительными методами секвенирования.
К зарегистрированным FDA и используемым в лабораториях тест-системам для
традиционного генотипирования относятся:
ВИЧ-1 TrueGene™ (Siemens Healthcare Diagnostics)
ViroSeq™ (Abbott Molecular/Applera Corp. of Applied Biosystems and Celera).
Традиционное генотипирование, как правило, выявляет только вирусные штаммы, имеющие
долю в общей вирусной популяции не менее 20 %.
Для научного анализа минорных вирусных популяций иногда используются также
дорогостоящие ультрачувствительные молекулярно-биологические методы (аллель-
специфическая ПЦР-реалтайм, полногеномное секвенирование) с порогом определения 0,1-
5 %. Клиническое значение минорных штаммов, выявленных данными методами, не
является однозначным, в частности, оно усиленно обсуждается в рамках проблем
применения ННИОТ (Li 2011). Высокочувствительные системы секвенирования, такие как
GS FLX (Roche/454 Life Sciences), HiScanSQ (Illumina) и SOLiD (Life Technologies), чаще
всего применяются только в рамках научных проектов. С появлением таких аппаратов, как
GS Junior (Roche/454 Life Sciences), Ion Torrent PGM (Life Technologies) или MiSeq (Illumina),
которые могут более выгодно использоваться для обработки небольших серий образцов, эти
технологии нового поколения также стали представлять интерес для рутинной
диагностической практики. Тем не менее, до начала их повсеместного использования
необходимо провести их оценку и интерпретацию результатов, в том числе уточнить
клиническое значение минорных вариантов и возможность интеграции этих методов в
рутинную клиническую практику. Следует отметить, что большинство подобных аппаратов
и наборов реагентов еще не сертифицированы.
Анализ на фенотипическую резистентность в Германии проводится редко ввиду
существенных временных затрат и высокой стоимости. Если общая стоимость анализа на
генотипическую резистентность, в зависимости от лаборатории и используемого метода,
составляет 260-400 евро, цена фенотипического исследования как минимум вдвое выше.
Коммерчески доступны следующие тест-системы для анализа на фенотипическую
резистентность:
PhenoSense™ (Monogram Biosciences)
PhenoTecT™ (InPheno)
Phenoscript™ (VIRalliance)
Для проведения анализа на резистентность требуется определенное минимальное количество
вируса. В зависимости от лаборатории и используемого метода, оно составляет от 100 до
1000 копий/мл, при низкой виремии выполнение анализа на резистентность часто не
представляется возможным.
Общая информация о фенотипировании
При выполнении анализа на фенотипическую резистентность проводится прямая
количественная оценка чувствительности вируса к лекарственным препаратам. Измеряется
способность вирусных изолятов к репликации в клеточной культуре под селекционным
действием отдельных АРП (в высоких концентрациях), по сравнению с вирусом дикого типа.
Концентрация препарата, необходимая для ингибирования репликации вирусного изолята в
клеточной культуре на 50 %, носит название IC50 (50 %-ная ингибирующая концентрация).
Чувствительность оценивается по коэффициенту соотношения измеренной IC50 для
опытного вируса и IC50 для эталонного вируса дикого типа. При интерпретации этот
коэффициент – также называемый фактором резистентности (ФР) или «кратностью
изменения» – сравнивается с так называемым пороговым значением. В идеале он показывает,
до какого значения может повышаться фактор резистентности ВИЧ-изолятов в сравнении с
вирусом дикого типа без клинически значимой потери активности.
Таблица 1: Преимущества и недостатки анализа на фенотипическую резистентность
Анализ на фенотипическую резистентность:
Преимущества:
Непосредственно измеряемый
результат
Валидный результат даже при
наличии неизвестных мутаций
резистентности (к примеру, к
новым препаратам)
Валидный результат даже при
комплексных типах мутаций, к
примеру, при эффектах повторной
сенсибилизации
Недостатки:
Определение минорных вариантов с долей не менее 20%
Порог клинического действия есть не у всех препаратов
Высокая стоимость (в Германии не покрывается медицинской
страховкой)
Требует много времени (несколько недель)
Невозможно получение данных о подтипе ВИЧ-1
При интерпретации фенотипа не учитываются комбинации
препаратов и их взаимодействие
Нельзя выявить промежуточные этапы формирования
резистентности
Технические, биологические и клинические пороговые значения
Различают три типа пороговых значений.
Техническое пороговое значение – это степень допустимых колебаний показателей,
измеряемых данным прибором.
Биологическое пороговое значение – это степень естественных колебаний чувствительности
вирусного изолята дикого типа.
Клиническое пороговое значение показывает, повышение IC50 до какого уровня (во сколько
раз) еще следует считать неограниченной активностью препарата. Данный показатель
является клинически значимым. Полная резистентность к лекарственному препарату часто
развивается не внезапно, а постепенно, при постепенном изменении обмена аминокислоты
(особенно характерно для резистентности к усиленным ИП). В большинстве случаев
указываются верхнее и нижнее клинические пороговые значения. При достижении нижнего
порогового значения вирусологический ответ уже несколько снижен, при достижении
верхнего порогового значения вирусологического ответа уже не следует ожидать. Для новых
препаратов данные о клинических пороговых значениях часто отсутствуют, в этих случаях
следует ориентироваться на биологические пороговые значения.
При анализе на фенотипическую резистентность нельзя выявить мутации, которые сами по
себе не обусловливают наличие резистентности, но указывают на передачу резистентного
штамма, развитие резистентности в настоящий момент или регрессию резистентности.
Related posts
